rdkitを活用したケモインフォマティクス入門

今回の記事は下記のような読者に向けて書いています。

「pythonを活用してケモインフォマティクスを実践したい」
「rdkitで何ができるか知りたい」
「rdkitを使ったケモインフォマティクスの実施例を見てみたい」

pythonを活用したケモインフォマティクスでは、rdkitはマストなので是非この記事でrdkitの使い方を理解してもらえればと思います。

rdkitでできること

rdkitを使用することで、「pythonで化学構造を取り扱える」ようになります。

rdkitを活用することで下記例のような事ができます。

・化学構造のベクトル化（機械学習で使える形に変換できる）
・部分構造検索
・化学構造の自動生成

今回の記事では特に、「化学構造のベクトル化」について解説します。
化学構造をベクトルに変換することで、機械学習で化学構造を取り扱えるようになります。
つまり、化学構造を取り扱う機械学習（ケモインフォマティクス）を実践できるようになります。

rdkitについてより詳細まで知りたい方は「化学の新しいカタチ」さん記事参照。

RDKitでケモインフォマティクスに入門
ケモインフォマティクスとは化学情報学とも呼ばれる分野で，コンピュータ・情報科学を用いて化学上の問題を取り扱う学問領域になります．そのためにはコンピュータで化合物の構造・性質などを取り扱う必要がありますが，人間とコンピュータでは化合物の認識方
future-chem.com

早速、rdkitを用いた「化学構造のベクトル化」について解説します。

化学構造のベクトル化

化学構造のベクトル化は下記の流れで行います。

SMILES→molファイル→ベクトル

「SMILES→molファイル→ベクトル」の流れで、化学構造をベクトルに変換（機械学習で使える形に変換）しているんだ〜くらいの理解度で大丈夫です。

それぞれのステップを解説します。

まずは「SMILES→molファイル」への変換です。

SMILES→molファイル

SMILES→molファイルへの変換は、Chem.MolFromSmiles(化合物のSMILES)を使えばいい。
フェノールをmolファイルに変換する例を下記に示す。molファイルを出力すると、フェノール（化学構造）が出力されます。

from rdkit import Chem
Chem.MolFromSmiles('Oc1ccccc1')

次にmolファイル→ベクトルに変換する手法について解説します。

molファイル→ベクトル

molファイル→ベクトルに変換する手法はいくつかあります。

・フィンガープリント（morganフィンガープリント等）
・分子記述子（rdkit記述子、mordred記述子）

フィンガープリントはベクトルの数値が「0 or 1」で表現されるのに対して、記述子は「数値」で表現されます。

機械学習では、どの手法を使えば予測精度が高くなるのかわからないので、色々試して、予測精度が高い手法を選択すればいいと思います。

長々と書きましたが、rdkitを活用して、「smiles→molファイル→ベクトル」の流れで、化学構造をベクトルに変換（機械学習で使える形に変換）しているんだ〜くらいの理解度でOKです。
そして化学構造をベクトルに変換できれば、あとはいつもの機械学習と同じです。

次に実際にrdkitを使ってケモインフォマティクスを実践します。

rdkitを使ったケモインフォマティクスの実践

今回は、rdkitを使って水溶解度予測モデルを構築します。

目的変数を水溶解度、説明変数を化学構造（ベクトル）として、その２つを結ぶFを機械学習で構築します。

水溶解度 = F（化学構造）

目的変数の水溶解度は、水溶解度をS（mol/L)とすると、対数変換したlog10Sの形で使用します。
まずはデータを読み込みます。

データの読み込み

下記のコードでデータをダウンロードし、データをdfとします。
1290個の化学構造（SMILES表記）と水溶解度（Log10S)が格納されています。
（下記のコードは覚える必要は全くないです。コピペして使ってください）

import urllib.request # URLで指定したファイルをダウンロードするライブラリ
import pandas as pd

url = 'http://modem.ucsd.edu/adme/data/databases/logS/data_set.dat'
urllib.request.urlretrieve(url, 'water_solubility.txt') 

df = pd.read_csv('water_solubility.txt', sep='\t', header=None) # データの読み込み
df.columns = ['SMILES', 'CAS', 'LogS'] #カラム名の変更
df # 読み込んだデータの確認

データを読み込めたので、早速「SMILES→molファイルへの変換」を実施します。

SMILES→molファイルへの変換

SMILES→molファイルに変換する前に、molファイルに変換できないデータを削除します。
下記コードでは、for文を使ってdfの’SMILES’列から一つずつSMILESを取り出して、Chem.MolFromSmiles(smile)でmolファイルに変換し、mols_listに格納しています。
この時、molファイルに変換できないデータもある可能性があるので、変換できないものは欠損値(np.nan)としてmols_listに格納しておきます。molファイルに変換できないデータは使えないのでdfから削除しています。dfが1290個から1289個になっていることが確認できます。

#smiles→molsファイルの変換

mols_list = []
for smile in df['SMILES']:
    try:
        mols_list.append(Chem.MolFromSmiles(smile))
    except:
        mols_list.append(np.nan)

#molファイルに変換できなかったSMILESの行番号を確認しdfから削除
drop_index = pd.Series(mols_list)[pd.Series(mols_list).isnull()].index.to_list()
df = df.drop(index = drop_index).reset_index(drop = True)

SMILES→molファイルに変換できないデータは削除したので、molファイルに変換します。
変換できないデータは全て削除しているので、全てのSMILESがmolファイルに変換されています。
mols_listの中に1289個のmolファイルが格納されています。

mols_list = []
for smile in df['SMILES']:
    try:
        mols_list.append(Chem.MolFromSmiles(smile))
    except:
        mols_list.append(np.nan)

「SMILES→molファイルへの変換」が完了したので、続いて「molファイル→ベクトルへの変換」を実施します。

molファイル→ベクトルへの変換

今回はrdkit記述子を使って「molファイル→ベクトルへ変換」します。
下記のコードでは、rdkit記述子で208次元に変換されたベクトルをX_trainに格納しています。
また今回は欠損値はなかったため、このまま計算に使用しています。
1289個の化合物が全て208次元のベクトルに変換されていることが確認できます。

（コードは覚える必要はなく、こんな感じで書くんだくらいの理解度でOKです）

from rdkit.Chem import Descriptors
from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors

descriptor_names = [descriptor_name[0] for descriptor_name in Descriptors._descList]
descriptor_calculator = MoleculeDescriptors.MolecularDescriptorCalculator(descriptor_names)
rdkit_descriptors_results = [descriptor_calculator.CalcDescriptors(mol) for mol in mols_list]
X_train = pd.DataFrame(rdkit_descriptors_results, columns = descriptor_names)
X_train

計算のため、上で算出したX_trainとy_trainを結合してdf_trainとします。

y_train = df['LogS']
df_train = pd.concat([X_train,y_train], axis = 1)

それではデータの前処理が終わったので学習を実施し、予測精度の確認をしていきます！

学習と予測精度の確認

今回はlightgbmを使ってモデル構築します。
精度検証はKFoldを使って10分割交差検証を実施しています。結果は、y_test（正解データ）とy_pred(モデルの予測結果）をverificationに格納しています。
verificationを出力すると、y_testとy_predが格納されていることがわかります。

from sklearn.model_selection import KFold
import lightgbm as lgb

verification = pd.DataFrame()
verification['y_test'] = df['LogS']

#KFoldの設定
kf = KFold(n_splits = 10, shuffle = True) 
#交差検証
for train_idx, test_idx in kf.split(df):
    X_train_ = df_train.iloc[train_idx, :-1]
    y_train_ = df_train.iloc[train_idx, -1]
    X_test = df_train.iloc[test_idx, :-1]
    y_test = df_train.iloc[test_idx, -1]
    
    model = lgb.LGBMRegressor()
    model.fit(X_train_, y_train_)
    verification.loc[test_idx, 'y_pred'] = model.predict(X_test)

verification

最後に予測精度結果を下記に示します。
グラフから全てのyの値で高い予測精度であることが確認できます。
またr2_scoreは0.92と非常に高い予測精度である事が確認できます。
ベクトル変換の手法を変えたり、使用する機械学習モデルを変えることで、もう少し予測精度をあげれると思います。

import matplotlib.pyplot as plt
plt.figure(figsize=(5,5))

plt.scatter(verification['y_test'], verification['y_pred']) # 散布図を描画

plt.show()

from sklearn.metrics import r2_score
r2_score(verification['y_test'], verification['y_pred'])

今回の記事はここまでです。

pythonを活用したケモインフォマティクスではrdkitはマストなので、是非この記事で使い方をマスターしてください。

皆さんの機械学習の勉強がさらに進み、理解が深まることを願っています。

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